非法经营罪，很多人并不了解，但并不妨碍它的广泛应用。在我国，凡是“扰乱市场秩序”的行为，都可能和它扯上关系。
在刑法225条中列举了一些非法经营行为，比如未经许可经营专营、专卖物品或其他限制买卖的物品（烟草和食盐等），非法经营证券、期货或者保险业务等，并没有明确提及非法种植转基因作物。
不过，农业部官员这样表态也有依据：非法经营罪第4款是一个兜底性条款：包括“从事其他非法经营活动，扰乱市场秩序，情节严重的行为”，在一些法律界人士看来，国家虽然允许转基因食品生产，但必须合法有序，如未许可便经营，就扰乱了市场秩序，可以用非法经营罪来规制。
然而，这种观点值得商榷。首先，不少学者认为，由于兜底性条款的存在，非法经营罪渐渐成为一个口袋罪，几乎任何经济活动中的违规行为都包含在内，不宜再进一步扩张。
在我国，非法经营罪已成口袋罪，与经济有关的任何违法犯罪活动，都可以往里装李松奎律师在《非法经营罪“口袋化”趋势的遏制》一文中指出，在他搜集的362个涉及非法经营罪的案例中，各级法院引用兜底性条款进行判决的，共276起，占到76%。他认为，经济刑事法规制的是“情节严重”的不法经济行为，且只有极少数经济领域的非法经营行为会对市场秩序构成威胁，应理性区分罪与非罪。
从这个角度看，目前非法种植转基因农作物虽已成套路，但这些非法种植的面积和产量是否“情节严重”，是否扰乱了市场秩序，恐怕是见仁见智。
其次，转基因作物非法种植并不是没有行政处罚措施，如《转基因生物安全管理条例》对违反规定非法生产或加工转基因作物的行为，有罚款、追究相关人员责任等措施。今年4月，农业部部长韩长赋曾表示，经过大量评估，非法违规的种植是个别的、可控的，转基因作物的违规扩散得到了有效的控制。
欧盟一直对含有未批准的转基因成分的中国进口产品进行通报，这个数据也侧面印证了农业部部长的表态：
如果非法种植是可控的，有没有必要耗费不菲的立法成本设立“基因技术罪”，更让人存疑。有法学家指出，长期以来我国增设新罪的呼声不断，医闹多了，就要设立暴力伤医侮辱医务人员，警察执法受到袭击，就要设立“袭警罪”……实际上，我国刑法中的妨害公务罪、故意伤害罪、聚众扰乱公共场所秩序罪等足以应对这些问题。
刑法作为惩戒手段中的最后一道“闸阀”，依靠其他手段或者其他法律无法奏效时，刑法才有“挺身而出”的必要，动不动就入刑，或者设立新法，则违反了刑法的谦抑性和罪刑法定的原则。
更何况对转基因作物偷种，社会上还有泾渭分明的观点
医闹这类违法犯罪行为，虽然最终没有单设罪名，但在暴力伤医需严惩这点上，社会有共识。这也是医闹能入刑的原因所在（未单设罪名，但在聚众扰乱社会秩序罪中予以明确）。
而对于偷种转基因作物是否是犯罪，社会各方并没有共识。今年年初，辽宁被曝大面积违法在转基因玉米种植，这却点燃了两种观点的论战：反转派认为，偷种转基因作物是重大丑闻，政府应严厉监管，出重手打击非法种植转基因的现象；挺转派则认为，转基因技术是未来农业的发展方向，政府目前在转基因作物的商业化种植上不作为，农民偷种转基因作物是市场的选择。
由于转基因玉米抗虫、抗除草剂，很受农民欢迎反转派说的有道理，中国的转基因研发和产业中存在诸多违规，而且部分转基因工作者自律程度也值得怀疑，正如农业部官员所说，造成转基因非法扩散的主要是科研单位和有研发能力的企业。然而，挺转派也有自己的理由。辽宁发现的转基因玉米品种主要为Mon810、NK603、Bt11和TC1507，均为抗虫、抗除草剂或者二者兼具的品种。这4款转基因玉米均为全球市场上主要的商业化转基因玉米品种，也深受当地农民喜爱。这些转基因玉米不用打药除草，减少了购买农药的支出，虫害受到抑制，产量也有所提高。有农村在采访时表示，“如果不让我种这种玉米，我明年不打算种粮食了，种以前的那种实在不赚钱。”
铲除这类偷种的农作物，不是因为它们不安全，而是因为品种没有完成审定，违反了《专利法》《种子法》和《农业转基因生物安全管理条例》，这也是很多转基因水稻和转基因大豆被铲除的原因。
挺转派认为，转基因作物被证明安全有效后，却不让种植，是过度监管；有更好的产品，国外种了很多年，却因国内公众压力不推广，这样的监管法规当属“恶法”。
此外，中国农业科学院博导黄大昉曾表示，我国现行农业转基因生物监管的部分条款过于严格和繁琐，难以操作；主管部门安全审批与品种审定机构之间缺乏协调，工作效率低，不适应农业转基因生物监督管理发展的需要。
在一些挺转人士看来，违反有着种种缺陷的“恶法”，是类似于小岗村村民搞包产到户的壮举，当然不是犯罪。监管法规是否是恶法，可以留给法学家讨论。然而，如果偷种的转基因作物是安全的，在国外也已产业化推广，在中国偷种却要受刑罚，实在难以服众。
在这种情况下，更应该以经济手段对付非法种植转基因作物
偷种转基因作物入刑，主管部门是希望用严刑峻法彻底解决偷种行为。但在此之前，也应先审视一下我国的转基因监管法规，世界大面积种植和应用转基因作物已近20年，我国现行转基因安全管理条例制定于15年前（2001年），有关规定内容和措施也应该与时俱进。否则推广无门的研发机构，还可能用“生米煮成熟饭”式的推广策略。
更重要的是，增加转基因企业的违法成本，不只有入刑这一招，还有经济手段。实际上，我国转基因违法成本相当低廉，无论是违法种植还是违反标识规定，处罚对生物技术产业而言轻微到可以忽略，如未取得生物安全证书，擅自将农业转基因生物投入生产或应用的，将处2-10万元的罚款，违反标识规定的，处1-5万元的罚款。过于低廉的违法成本可能产生研发者和生产者故意有法不依的现象。
另一方面，在2001年的《农业转基因生物安全管理条例》中，对企业的赔偿责任仅规定，“研究、试验、生产、加工、贮存、运输、销售或者进口、出口农业转基因生物过程中发生基因安全事故，造成损害的，依法承担赔偿责任。”这种模糊的规定进一步降低了企业的违法成本。
在国外，企业发生了基因安全事故，很难被轻轻放过。以美国为例，2006年8月，拜耳作物科学公司与路易斯安那大学曾对水稻品种进行测试，结果在试验中造成了转基因物质在长粒水稻中的痕量残留，使得水稻出口至欧盟、日本、俄罗斯及其他国家受阻，订单暂停或者推迟。
随后，来自美国德克萨斯州等五个州的约1.1万农民起诉拜耳作物，要求其必须为自己的损失负责，索赔金额高达7.5亿美元。经过长期的诉讼，原告终于得以胜诉。让企业负起责任，这样的高额赔款可能比入刑更管用。